Karlsøy Prestegaard er et rockeband fra Karlsøy i Troms. En benytter for ordens skyld skrivemåten «Karlsøy Prestegård» om eiendommen med samme navn, og «Karlsøy Prestegaard» om bandet.

I 1980 grunnla Stein Olsen bandet Karlsøy Prestegaard. Karlsøy Prestegaard gav ut sin første 7″-singel i 1981. Året etter entret bandet Cirani studio i Svolvær og spilte inn debutalbumet Dyret (666). Musikalsk kan albumet beskrives som et knippe velskrevne låter i skjæringspunktet mellom punk, new wave og ska – iblandet progressive tendenser og kritiske, antiautoritære norske tekster. Trommeslageren Geir Strand hadde tidligere spilt i tromsøpunkbandet Søt Hævn og fortsatte senere i blitzbandet Kafka Prosess og indie-bandet Vinterhagen.

I 1990 turnerte Karlsøy Prestegaard i Sovjetunionen. Turnéen startet i Murmansk og gikk via St. Petersburg, Moskva og til «den forbudte byen» Saratov ved Volga. Samme året ga de ut singlen «Barn av lyset».

I 1994 kom Svein Andersens helaftens dokumentarfilm Karlsøya – mellom geiter, rock og Muhammed der filmmusikken er komponert av Karlsøy Prestegaard. En soundtrack-CD på eget selskap ble også lansert i anledning filmen. Både gruppa og Stein Olsen som privatperson medvirket i denne filmen.

I 2004 ble bandet booket til Quartfestivalen i Kristiansand.

Den 13. juni 2008 ble endelig albumet Dyret (666) og singlen «Barn av lyset» reutgitt som CD av Smart Patrol Records.